수경재배는 뿌리가 노출되어 있기 때문에 토양에서 재배하는 것에 비해 뿌리 주변 온도가 쉽게 변화합니다. 특히 기온과 광량에 의해 수경재배 시스템 전체의 온도가 빠르게 오르내리기 때문에 양액 온도 관리에 세심한 관리가 필요합니다.
작물에 따라 고온에도 잘 버티는 것이 있는가 하면, 저온을 좋아하는 작물도 있습니다. 이 범위를 벗어나게 되면 양분과 수분의 흡수 능력이 떨어지면서 생육이 저해되게 됩니다.
일반적으로 근권온도(뿌리주변 온도)가 낮으면 P, K, Mg의 흡수가 억제되고 암모니아태 질소의 흡수량이 많아집니다. 반대로 온도가 높아지면 Ca의 흡수가 떨어지면서 열매의 배꼽썩음이나 잎끝마름증이 나타납니다.
일반적으로 작물의 생육에 가장 적합한 근권온도는 18~25도씨 이고 계절에 따라 경제성을 고려하여 합리적으로 조절하는 것이 좋습니다.
전문 농업용 하우스가 아니라, 일반적인 사람이 생활하는 실내에서 함께 재배하는 경우라면, 대부분 이 온도가 유지되기 때문에, 상대적으로 특별히 신경쓸 필요가 적습니다. 다만 너무 여름절 햇볕에 오래 방치해두거나, 실외에서 재배하는 경우 어느정도 인위적인 온도 조절이 필요하기도 합니다. 양액 온도를 올리기 위해서는 주로 수족관 온도 조절용으로 나오는 전열선을 사용하게 됩니다. 소규모의 양액탱크는 수족관의 크기와 비슷한 만큼, 저렴하게 온도조절을 위해 사용할 수 있습니다. 한편 온도를 내리기 위해서는 역시 수족관용 냉각 장치를 이용하거나, 씨피유용 쿨러를 이용해 LED등에서 나오는 열기를 밖으로 배출하기도 합니다. 전문 농가에서는 차가운 지하수 관을 양액탱크 안을 지나도록 설치해서 온도 조절을 한다고 합니다.
아무튼 양액탱크를 스티로폼으로 감싸는 방법등을 이용해서 단열을 시켜주기만 해도 양액 온도 유지에 큰 도움이 됩니다. 따라서 너무 얇은 두께의 탱크를 사용하는 경우( 특히 플라스틱 컵 )에는 온도변화에 민감하지 않도록 주의를 기울여주세요.